Jau 1782 metais Pabiržėje veikė parapijos mokykla. Kuomet ji įkurta – tiksliai nustatyti nepavyko. Rašytiniuose šaltiniuose rašoma, kad „studentų skaičius mokykloje yra 12 kilmingųjų, 14 prastų ir dvi mažos mergaitės. Jie visi mokosi rašyti, skaityti.“ Direktoriumi tada dirbo Tadeušas Bienerovičius, kuris „buvo mokyme patyręs, išsiauklėjęs, malonus, negeriantis“. Pabiržėje mokykla įsikūrė 1923. Valsčius ir mokykla buvo Gulbinuose. Yra teigiama., kad mokykla buvusi Gulbinuose ten pat, kur ir šiandien dar yra mokyklos pastatai. Atidarius Pabiržėje mokyklą, pirmaisiais mokytojais buvo Ona Butkevičiūtė, Mačiukaitė, Bagdonas, Bagdonienė. Mokykla buvo patalpinta valsčiaus namuose, kur šiandien yra gyvenvietė. Mokykla buvo dviejų komplektų. Padidėjus mokinių skaičiui, buvo nuomojama viena klasė Motiejūno name.1930 metais Pabiržės valsčius perėmė iš klebono Andrašiūno senelių namus, kur perkėlė mokyklą, tuo laiku mokyklai vadovavo mokytojas Edgaras Tymukas. Mokykloje buvo du komplektai. antrame komplekte dirbo mokytoja Ona Tymukienė. Perkėlus mokyklą į senelių namus, susidarė geresnės darbo sąlygos, padidėjo mokinių skaičius. Mokinių skaičius kiekvienais metais augo, o dirbo tik du mokytojai. Mokykla išaugo iki 4 komplektų. Mokyklai teko papildomai nuomoti patalpas gyvenamajame name. Mokykloje tuo laiku dirbo mokytoja Janulytė, Tymukai, Januškaitė, Gogelytė. Vokiečių okupacijos metais mokinių skaičius žymiai sumažėjo, darbo sąlygos pasidarė labai sunkios. Neturtingųjų vaikai turėjo „parduoti savo vasaras”. Dirbo pas didžiažemius, o žiemą irgi nelankė mokyklos, nes neturėjo kuo apsiauti ir apsirengti. 1944 metais buvo įkurta progimnazija. Pirmieji jos kūrėjai buvo mokytojai Ignas Lapienis, Janulytė, Kregždė. Progimnazija buvo patalpinta atskirai nuo pradinės mokyklos. Ji užėmė buvusios pradinės mokyklos patalpas. Progimnazijai vadovavo direktorius Mykolas Kregždė. Pirmaisiais mokslo metais progimnazija turėjo 4 klases, kuriose mokėsi 86 mokiniai. Paskui kas metais progimnazija augo, mokinių skaičius didėjo. Išvykus direktoriui Kregždei, progimnazijai ėmė vadovauti direktorius Lazauskas. 1948 metais progimnazija ir pradinė mokykla performuojama į septynmetę mokyklą. Joje buvo dvylika komplektų. Mokinių skaičius siekė iki 340 mokinių. septynmetėje mokykloje dirbo mokytojai : Janulytė, Pakeliūnas, Stankevičius, Strazdas, Strazdienė, Ratkelis, Ratkelienė, Tymukas, Lapienis. Septynmetei augant ir plečiantis, mokykla naudojimui perima parapijos namus ir kleboniją, kur apsigyvena mokytojai ir įrenginėjamos naujos klasės. 1950 metais susidarius dideliam mokinių skaičiui ir pageidaujant apylinkės tėvams, Pabiržėje atidaroma vidurinė mokykla. 1950-1951 mm mokinių skaičius jau siekė 360. Pabiržės vidurinei mokyklai vadovauja direktorius Ratkelis. Mokytojų kolektyvą papildo Butkevičiūtė, Armanavičiūtė, Barkauskaitė, Barauskaitė. 1953-54 metais Pabiržės vidurinė mokykla apvainikuoja savo darbo rezultatus, išleisdama pirmąją abiturientų laidą. Jų buvo 24. 1955 metais mokinių skaičius išauga iki 433 ir sudaro 17 klasių. Tais pačiais metais praktikos darbams įrengiamos dirbtuvės. dar tais pačiais metais įkuriamas mokyklos internatas. Jame apsigyvena apie 20 mokinių. Nuo 2008m. rugsėjo 1 d., sumažėjus mokinių skaičiui vyresnėse klasėse, vidurinė mokykla reorganizuojama į pagrindnę.

2020 m. rugsėjo 1 dieną Pabiržės pagrindinė mokykla prijungta prie „Atžalyno” pagrindinės mokykla ir tampa Biržų „Atžalyno” pagrindinės mokyklos skyriumi.